docker-compose 환경을 구성해 사용하는 경우 생성한 docker container에 volumes 설정을 통해 php.ini를 수정할 수 있습니다.

app:
        container_name: php-fpm
        image: bitnami/php-fpm:7.3
        volumes:
            - ./php.ini:/opt/bitnami/php/etc/conf.d/php.ini